La organización interna del Apostolado de la Oración es muy sencilla.

A nivel mundial, desde sus comienzos hasta el presente, el Papa ha encomendado la «animación espiritual» del Apostolado de la Oración, al general de la Compañía de Jesús (los jesuitas), quien nombra un delegado personal para tal misión.

A nivel nacional, el Superior General de la Compañía de Jesús nombra a los respectivos Secretarios Nacionales.

A nivel diocesano, cada obispo decide si prefiere que se elija un Director Diocesano que haga de intermediario entre él y los miembros del Apostolado, a fin de coordinar el servicio que presta el Apostolado de la Oración en la pastoral orgánica de su diócesis.

A nivel parroquial, cada párroco es quien confirma la elección del Director del Centro hecha por quienes lo integran. Este Director a su vez, elige a quienes van a ayudarle en su servicio.

A nivel de cada centro,
le toca a su Director, orientar la vida de la comunidad hacia los objetivos y necesidades de la pastoral parroquial o diocesana que se le han confiado.